朱元璋里建文帝时，就遭到许多皇子的反对，而建文帝登基后有提出“削藩”，更是引起了藩王的不满，燕王朱棣这时以“清君侧”的名义起兵南伐。
在《明史・姚广孝传》和《胡?传》里记载：明成祖朱棣当了皇帝后，对建文帝自焚而死，也产生过怀疑，也有人告诉他那具烧焦的尸体是马皇后的，建文帝削发为僧外逃了。
他就把建文帝的主录僧溥洽抓了起来关进监狱长达十余年，逼他供出建文帝下落。
并派郑和下西洋“欲寻踪迹”，派户科都给事中胡?遍行郡、乡、邑长达16年，搜寻建文帝下落，一直到朱棣死前一年的一个晚上，他已睡下了，但听说胡?回来了，急忙穿上衣服，在卧室单独召见。
胡?访得建文帝离开紫禁宫后，削发为僧，既没有去神乐观，也没有去西南、东南周游避难，而是被僧司溥洽所救，一直藏在江苏吴县普洛寺内，此后一心为僧，无复国之意。
近年徐作生也通过查阅大量文献和实地考察后，指出：永乐二十一年（1423），建文帝死于江苏吴县穹窿山，终年46岁，葬于皇驾庵后的小山坡上。
明朝的朱棣造反原因：
1.因为他觉得建文帝治理不好国家，所以要争取这个皇位，发挥自己的才能；
2.最主要的原因是他如果不当皇帝，建文帝准备要削藩，准备要杀他，所以他要保护自己；
3.朱棣本就有皇帝野心；
4.,因为他看不惯一个比自己小一辈的人坐在自己头上，还要杀自己。
建文帝结局有几种说法：
1.出家为僧；
2.自焚而死：燕王朱棣入宫后，清宫三日，搜查朱允?下落，宫内侍人都说朱允?已自焚，并从火堆里扒出一具烧焦的尸体证明之；
3.遁入道门：据有学者考证，朱允?晚年化名詹碧云，隐踪在江西上饶玉山三清山任三清宫住持道士。
但是其实朱允?的真正下落，至今仍是一个未揭开的历史之谜。
明朝的朱瞻基被明朝汉王处死。
朱瞻基是朱棣长子仁宗朱高炽的儿子，汉王朱高煦是他的叔叔，朱棣早年为立两人谁为储君的事徘徊，他有立汉王之心，不过大臣们都支持太子，后来汉王犯了个错，被贬，太子朱高炽即位。
后来仁宗朱高炽病死，宣宗朱瞻基即位，不久汉王朱高煦起兵造反，被剿灭，朱高煦也被处死。