高效液相色谱仪主要有进样系统、输液系统、分离系统、检测系统和数据处理系统组成。
各部分的作用如下：
1.进样系统一般采用隔膜注射进样器或高压进样间完成进样操作，进样量是恒定的。
可以提高分析样品的重复性。
2.输液系统该系统包括高压泵、流动相贮存器和梯度仪三部分。
高压泵流速可调且稳定，当高压流动相通过层析柱时，可降低样品在柱中的扩散效应，可加快其在柱中的移动速度，利于提高分辨率、回收样品、保持样品的生物活性。
流动相贮存器和梯度仪，可使流动相随固定相和样品的性质而改变，可使各种物质都能获得有效分离。
3.分离系统该系统包括色谱柱、连接管和恒温器等。
恒温器可使温度从室温调到60C，通过改善传质速度，缩短分析时间，就可增加层析柱的效率4检测系统对柱没被分离后的合成分进行检测，从而实现对试样的分析。
1.开机设定参数，检测波长、流速，更换所需流动相，检查色谱柱是否正确。
2.排液置换管路中流动相，冲洗进样阀，洗好进样针。
3.冲洗色谱柱进行平衡，其间可提前进行样品的处理，样品信息的注册。
4.平衡好以后进空白试验，排除系统污染。
5.柱子稳定好以后进样，等待运行结束，其间清洗进样针，积分计算，出具报告。
根据你使用的色谱柱和用过的流动相来决定用什么样的溶剂来冲洗系统。
如果用过盐或者酸，必须用9比1的水和合适的有机溶剂先冲洗一段时间，将其中的盐分冲洗干净，防止结晶，然后逐渐提高有机相的比例来冲洗，冲洗时间可以根据柱子的死体积来计算，最后用纯有机相来冲洗，最好是乙腈，因乙腈不容易挥发，柱子不容易干，而且柱子保藏也需要浸在乙腈中。
如果是单纯的水货有机溶剂，就用能够冲洗掉它的溶剂大比例先冲洗，然后再切换到乙腈冲洗。