原因有以下两点：
1.木瓜太生，木瓜成熟之后果肉柔软，很容易就会碰伤，很不适合运输，因此，果农在采摘木瓜都是生采，并没有等到木瓜成熟，这时候的木瓜都是青色，这种木瓜买回去之后需要经过催熟，或者做菜吃，直接食用是有苦味，属于正常现象；
2.木瓜没有清洗干净，木瓜至能吃木瓜的果肉，食用之前需要去掉其外皮和里面的木瓜籽，再清洗干净便可食用，若是果皮去得太薄，靠近外皮的果肉会带有苦味，因为木瓜果皮中含有苦味成分，并且木瓜籽也带有苦味。
木瓜是不能放入冰箱保存的水果：因为木瓜只要碰到水，就会出现黑斑，而冰箱虽然有吸水的功效，但是一旦将冰箱取出时，温差会使木瓜表面出现水分，而出现不新鲜的黑斑。
木瓜的正确保存方法应该是：先用报纸将木瓜包起来，放入阴凉地方保存。
木瓜，蔷薇科木瓜属，灌木或小乔木，高达5到10米，叶片椭圆卵形或椭圆长圆形，稀倒卵形，长5到8厘米，有腺齿，果实长椭圆形，可供栽培供观赏，果实味涩，水煮或浸渍糖液中供食用，入药有解酒、去痰、顺气、止痢的功效。
果皮干燥后仍光滑，不皱缩，故有木瓜之称。