2004年2月吴健雄学院正式成立，原强化班改称为电子信息类强化班，采用前期大类基础集中培养、后期专业分流的2加2培养模式，2004年8月开设了机械动力类强化班，使本科人才培养涵盖了该校信息工程、电子科学与技术、自动化、计算机科学与技术、生物医学工程、电气工程及其自动化、测控技术与仪器、机械设计制造及其自动化、热能与动力工程等9个专业，学生人数扩大到每届120人；学院历史：其前身可以追溯到1985年9月成立的东南大学少年班，与全国其它重点高校一样，东南大学自上世纪八十代中期以来一直在探索优秀人才培养模式和培养目标，八十年代中期，中央领导同志强调因材施教，要对大学生中优秀苗子施以专门教育、精心培养、争取早出人才、快出人才，东南大学和其他十一所大学在继中国科学技术大学开办少年班后，也开设了少年班，挂靠基础科学系并成立专门的少年班管理委员会，首届共招生32人；学院概况：东南大学优秀人才的培养基地，教学改革的试验基地，管理改革的示范基地；运行管理：人才培养的重大事项的决策和政策、措施等保障条件有吴健雄学院工作领导小组确定，学校领导兼任学院院长，吴健雄学院工作领导小组由分管校领导、及教务处、学生处、国际合作处、财务处等职能部门领导组成。