1.经营模式不同：垂直电子商务是指在某一个行业或细分市场深化运营的电子商务模式。
水平电子商务是提供综合产品的网上经营。
2.特征不同：水平电子商务需要全面而广泛地进行运作，而垂直电子商务中注重集中化的服务居多。
3.产品的丰富度不同：垂直电子商务平台所销售产品的来源有很多，但都是同一个类型的产品。
水平电子商务平台销售产品种类丰富。
垂直电商目前面临最大挑战是针对标准垂直电商当前的运营困境，受限于现有的购销体系，标准垂直电商的运营模式将很难有突破性的发展，垂直B2C很多经营标准化产品，用户体验需求不高，用户对价格比较敏感，且要经受平台型电商价格战的冲击，利率很低；垂直电商目前的出路是，一是被大的网络平台收购， 融合成其中的一部分，以亚马逊为例，它通过并购等手段将很多垂直领域的大商家都组合到亚马逊平台下，二是与产业资本合作或是被传统企业大佬收购或并购，成为其中的一部分，最终其发方向可以是线上发展，也可以是向线下延伸，如美国最大的网上药店被线下最大的连锁药店收购。