原生动物门分为四个纲：分别是：鞭毛纲：代表动物：眼虫。
肉足纲：代表动物：大变形虫。
孢子纲：代表动物：间日原虫。
纤毛纲：代表动物：大草履虫。
中国现用大学课本把原生动物门划在动物界，尽管五界系统是公认最完善的系统划分，但国内教材还是以2界系统为主。
在国外，原生动物门被化为专门的一个界。
原生动物（protozoan）是一类缺少真正细胞壁，细胞通常无色，具有运动能力，并进行吞噬营养的单细胞真核生物。
它们个体微小，大多数都需要显微镜才能看见。
原生动物分布广，生活于淡水、海水及潮湿的土壤中，也有不少种类营寄生生活，是原生生物界中较为接近动物的一类真核单细胞生物。
与原生动物相对，一切由多细胞构成的动物，称为后生动物。
原生动物门的特征：
1.身体由单个细胞所构成 原生动物是单细胞动物，其身体由一个真核细胞所构成，也就是说，一个细胞就构成了一个原生动物的个体。
2.具有由单细胞组成的群体， 大多数的原生动物是单细胞的个体进行生活的，但有些种类可以由几个以上的细胞聚集在一起形成群体，进行独特的群体生活。
3.身体微小 。
原生动物的身体一般很微小，肉眼不容易见得到，大部分必须借助显微镜才能观察到。
4.营养方式有自养和异养 。