PCR常用荧光染料的化学结构是琼脂糖胶，或者是在跑完胶后对整个胶体用稀释液染色，在紫外光照射下散发出橘黄色的光，当与DNA结合后，发光量大大增强。
PCR又叫聚合酶链式反应，是一种用于放大扩增特定的DNA片段的分子生物学技术，它可看作是生物体外的特殊DNA复制，PCR的最大特点，是能将微量的DNA大幅增加。
无论是化石中的古生物、历史人物的残骸，毛发皮肤或血液，只要能分离出一丁点的DNA，就能用PCR加以放大，进行比对，这也是“微量证据”的威力之所在，由1983年美国科学家首先提出设想，1985年由其发明了聚合酶链反应，即简易DNA扩增法，意味着PCR技术的真正诞生。
镁离子影响PCR的多个方面，如DNA聚合酶的活性，这会影响产量；再如引物退火，这会影响特异性。
dNTP和模板同镁离子结合，降低了酶活性所需要的游离镁离子的量。
最佳的镁离子浓度对于不同的引物对和模板都不同，但是包含200μM的dNTP的典型PCR起始浓度是
1.5mM。
在多数情况下，较高的游离镁离子浓度可以增加产量，但也会增加非特异性扩增，降低忠实性，当然，也有相反的报道。
为了确定最佳浓度，可以用0.1至5mmol/L的递增浓度的镁离子 进行预备实验，选出最适的镁离子浓度。
在PCR反应混合物中，应尽量减少有高浓度的带负电荷的基团，例如磷酸基团或EDTA等可能影响镁离子离子浓度的物质，以保证最适镁离子浓度。
PCR进行的基本条件为：
1.模板脱氧核糖核酸的变性。
模板脱氧核糖核酸经加热至九十三摄氏度一定时间后，使模板脱氧核糖核酸双链或经PCR扩增形成的双链脱氧核糖核酸解离，成为单链与引物结合；
2.模板脱氧核糖核酸与引物的退火。
模板脱氧核糖核酸经加热变性成单链后，温度降至五十五摄氏度左右，引物与模板脱氧核糖核酸单链的互补序列配对结合；
3.引物的延伸。
脱氧核糖核酸模板引物结合物在耐热脱氧核糖核酸聚合酶的作用下，以脱氧核糖核苷三磷酸为反应原料，靶序列为模板，按碱基配对与半保留复制原理，合成一条新的与模板脱氧核糖核酸链互补的半保留复制链。