1.农村合作医疗保险只能农民，也就是拥有农村户口的人才可以参加。
2.农村合作医疗保险是一年一交费，一年一参合，参合本年度享受报销。
3.因农村合作医疗保险基金筹措有限，保障力度略低。
4.农村合作医疗保险为国家的政策，以解决参合农民因病致贫因病返贫为最终目的， 社保中的医疗保险具有低水平，广覆盖的特点，缴费以低水平的绝大多数单位和个人能承受的费用为准，广泛覆盖城镇所有单位和职工，不同性质单位的职工都能享有基本医疗保险的权利，参保人员完成缴费年限后可以终身享受。
养老保险是社会保障制度的重要组成部分，是社会保险五大险种中最重要的险种之一。
社会保险是指国家为了预防和分担年老、失业、疾病以及死亡等社会风险,实现社会安全，而强制社会多数成员参加的，具有所得重分配功能的非营利性的社会安全制度，是指国家通过立法强制实行的，由劳动者、企业或社区、国家三方共同进行筹资，建立的保险基金，主要项目包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险。
养老保险是国家依据相关法律法规规定，为解决劳动者在达到国家规定的解除劳动义务的劳动年龄界限或因年老丧失劳动能力而退出劳动岗位后而建立的一种保障其基本生活的社会保险制度，其目的是为保障老年人的基本生活需求，为其提供稳定可靠的生活来源。
农村医疗保险，是我国社会保障的一部分，农村合作医疗制度是由政府支持、农民群众与农村经济组织共同筹资、在医疗上实行互助互济的一种具有医疗保险性质的农村健康保障制度。
社会保险是一种为丧失劳动能力、暂时失去劳动岗位或因健康原因造成损失的人口提供收入或补偿的一种社会和经济制度。
区别:
1.所覆盖的对象不同。
新型农村合作医疗只有农民才可以参加，而且是必须以家庭为单位整户参加。
而城镇职工基本医疗保险是用人单位和个人缴费建立的医疗保险基金，是国家为了补偿劳动者因疾病风险遭受经济损失而建立一项社会保险制度。
2.缴费方式不同。
新型农村合作医疗是农民自愿参加，农民个人每年缴费标准不能采取个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的方式筹集资金。
城镇职工基本医疗保险费是用人单位和职工共同缴纳的。