上海海事大学交通运输专业主要培养具有运筹学、管理学、交通运输组织学等方面知识，能在国家及省、市交通运输管理部门、航运、港口等交通运输企事业单位，从事交通运输组织、指挥决策、规划设计、生产与经营管理的高级技术人才。
此专业属交通部重点学科，并具有博士和硕士授予权。
此专业的学生将受到交通运输技术管理、商务管理、信息管理的基本训练，具有运用运输技术设备、合理组织运输生产以获得最佳社会和经济效益的基本能力，并在航运与港口管理领域具有专长。
学生毕业后，主要从事国际航运与港口企业、国际物流及供应链企业、货运代理公司，水运设计与科研单位，以及其他交通运输企事业单位的设计、规划、经营与管理工作。
专业涉及的主要课程有：运筹学、管理学原理、计量经济学、管理决策理论与方法、港航工程与规划、港口管理信息系统、港口装卸工艺、港口生产组织与管理、港口物流、港口系统仿真、船舶原理与设计、国际航运管理等。
上海海事大学是一所以航运、物流、海洋学科为特色，具有工、管、经、法、文、理等学科门类的多科性大学。
为更好地服务上海国际航运中心建设和国家航运事业发展，根据上海市高校布局结构调整规划，2008年上海海事大学主体搬迁临港新城。
交通管理专业培养定位在航运及港口管理方向，主要培养具有深厚的航运港口及管理专业基础知识，精通航运港口管理相关理论和业务，熟悉行业发展前沿问题，具有创新能力和团队精神的高级航运管理人才。
本专业毕业生主要在交通行政管理机构、交通运输部、交通运输厅、省或市港航管理局、海事管理机构、航运企业、港口、大货主企业的运输部、物流企业、船舶代理和货运代理公司、金融业、高等院校、科研院所和其它涉外运输服务单位从事相关工作。
上海海事大学是一所以航运、物流和海洋为特色学科，兼有工、管、经、法、文、理、艺等学科门类协调发展的多科性大学。
学校前身为晚清邮传部上海高等实业学堂船政科，它是中国高等航海教育发轫地。
学校历经邮传部高等商船学堂、交通部吴淞商船专科学校、重庆商船专科学校和上海航务学院等时期，伴随历史变迁曾一度停办。
截至2018年6月，学校设有2个博士后科研流动站和4个一级学科博士点。
学校拥有17个二级学科博士点，有14个一级学科硕士学位授权点。