根据纳税人申请代开发票所在办税服务厅的类型，将代开发票办理流程确定为两种情况：一种是由国税局代征地税税费的办税大厅，流程分三步：第一步，在国税局办税服务厅指定窗口提交纳税申报单等必要资料；第二步，在同一窗口申报缴纳税费；第三步，在同一窗口领取发票。
另一种是国地税合作、共建的办税服务厅，代开流程分四步：第一步，在办税服务厅国税局指定窗口提交纳税申报单等必要资料；第二步，在同一窗口申报缴纳税费；第三步，到地税指定窗口申报缴纳有关税费；第四步，到国税指定窗口领取发票。
代开增值税专用发票可以通过复合分录直接入账会计分录。
增值税专用发票是由国家税务总局监制设计印制的，只限于增值税一般纳税人领购使用的，既作为纳税人反映经济活动中的重要会计凭证又是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明，是增值税计算和管理中重要的决定性的合法的专用发票。
会计分录亦称“记帐公式”，简称“分录”，它根据复式记帐原理的要求，对每笔经济业务列出相对应的双方帐户及其金额的一种记录。
若纳税人发现代开的发票有错误的，应持已开具发票各联次，在开票的次月增值税申报时抵应征税款。
纳税人代开发票时已征收入库的税款，发生作废发票或开具红字发票后，在开票金额变更情况下，不能只作废该发票和将之前税票附于新开发票后作缴税凭证，应重新缴纳税款，网上审批通知后自助终端机扣缴税款并打印发票。
之前的入库的税款在下月申报纳税后仍产生多缴的办理退税。
作废发票后如需重开，在开票金额不变情况下，可不重新缴纳税款，对多征的税款应视不同情况进行处理：对于作为预缴税款入库的税款、作废原因的书面证明材料。
当月作废票重开发票时，则需要在电子税务局重新填写《代开增值税专用发票申报单》。