新农合报销程序： 参保者出院后，将经患者本人签字或盖章的住院发票、出院记录、费用清单、转诊证明及本人身份证复印件或户籍证明缴本乡镇合管所，经审核后集中统一送交市农保业务管理中心。
“新农合”，全称新型农村合作医疗，是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。
新农合是由我国农民自己创造的互助共济的医疗保障制度，在保障农民获得基本卫生服务、缓解农民因病致贫和因病返贫方面发挥了重要的作用。
新农合报销范围，大致包括门诊补偿、住院补偿以及大病补偿三部分。
新型农村合作医疗报销范围为： 参加人员在统筹期内因病在定点医院住院诊治所产生的药费、检查费、化验费、手术费、治疗费、护理费等符合城镇职工医疗保险报销范围的部分。
新型农村合作医疗基金支付设立起付标准和最高支付限额。
定义不同：城镇职工基本医疗保险是为补偿劳动者因疾病风险遭受经济损失而建立，通过用人单位与个人共同缴费，建立医疗保险基金，参保人员患病就诊发生医疗费用后，与医疗保险经办机构给予一定的经济补偿，以避免或减轻劳动者因患病、治疗等所承受的经济风险；农村合作医疗指有由政府组织引导、本区居民自愿参加、集体扶持、财政资助，以大病统筹为主适度兼顾小病补偿的基本医疗保险制度，采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金。
参保对象不相同：城镇职工基本医疗保险覆盖范围为城镇所有用人单位，包括企业、机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位及其职工；农村合作医疗参保范围和对象为未参加当地统筹地区基本医疗保险或异地医疗保险的以下人员。
缴费标准不同：职工基本医疗保险缴费标准：用人单位以本单位在职职工工资额为基数，按百分之七的比例缴纳；职工个人以本人工资收入为基数，按百分之二的比例缴纳；农村合作医疗缴费标准：凡参加新型农村合作医疗的农民，以户为单位，每人每年缴费60元，特殊情况另有特殊标准。
1.农民个人每年的缴费标准不应低10元，经济条件好的地区，可以相应提高缴费标准。
乡镇企业职工(不含以农民家庭为单位参加新型农村合作医疗的人员)是否参加新型农村合作医疗，由县人民政府确定。
2.有条件的乡镇集体经济组织，应对本地新型农村合作医疗给予适当扶持。
扶持新型农村合作医疗的乡村集体经济组织类型、出资标准，由县级人民政府确定，但集体出资部分不得向农民摊派。
鼓励社会团体和个人资助新型农村合作医疗制度。
3.地方财政每年对参加新型农村合作医疗农民的资助，不得低于人均10元，具体补助标准和分级负担比例，由省人民政府确定。
经济发达的东部地区，地方各级财政可适当增加投入。
从2003年起，中央财政每年通过专项转移支付，对中西部地区除市区外的参加新型农村合作医疗的农民，按人均10元安排补助金。