C1驾驶证实习期内扣了6分，不会有问题。

只要缴纳了罚款，记分周期结束时记分会自动清除。

机动车驾驶人在一个记分周期内记分未达到12分，所处罚款已经缴纳的，记分予以清除。

记分虽未达到12分，但尚有罚款未缴纳的，记分转入下一记分周期。