据说建庙之初，地址原本选在距离现在位置2公里以外的地方。破土动工的头天晚上，发生了一件诡异的事，盖房用的柱梁不翼而飞。村民们再三寻踪追迹，终于在另一处找到了这些柱梁，并且发现它们已全部搭建妥当。于是便有了现在的寺庙，人们引为神意，给寺庙命名“飞来寺”。
如今的飞来寺安静得就像一位老者，静静地矗立在卡瓦博格前面，似乎全然不知道这个世界到底发生着怎样的变化？还有一个非常重要的元素， 飞来寺并不是一个全新的寺院，而是一个历史悠久的寺院。这里最初建于明万历四十二年，距今已近390年的历史。
历史上的飞来寺也是经历了不同时代的更迭，最终能够被记录和保存也和当地人割舍不了关系，其中，在飞来寺潭前有一甘冽清泉，相传此泉水有驻颜长寿之功效，寺内住持因常饮而高寿，故到山上的人都争相饮用，临走还要带几壶下山。
每一个历史悠久的寺院之所以村庄都有他存在的理由，飞来寺也不例外，除了长寿的泉水，还有在飞来寺动人的传说，以及飞来寺独特的位置。
飞来寺出名是梅里雪山的“日照金山”景观，日出的时候，阳光洒在梅里主峰上卡瓦格博峰，雪山仿佛放
下关凤仪飞来寺传说来源于其建造过程
。据飞来寺的住持所述，该寺庙已有两千多年的历史，比德钦的飞来寺还要早。飞来寺背靠浴龙山，其建造过程颇具神奇色彩，据说是由一位高僧在梦中得到指示，然后在山间寻找到了这块风水宝地，最终建成了这座寺庙。
飞来寺下有"问千年古刹何处飞来，抚万劫苍生将往何去"的对联，寺内有大雄宝殿，佛光普照，金碧辉煌，大雄宝殿墙上有"飞龙腾四海，凤上九重天"的壁画。