东南大学计算机科学与工程学院拥有计算机科学与技术一级学科博士点，包括了计算机应用技术、计算机软件和理论与计算机系统结构3个博士点和硕士点，其中计算机应用技术学科1994年被评为江苏省重点学科，在1996年、1998年和2000年历次评估中均被评为A级，2002年被评选为国家重点学科。

该院建有计算机网络与信息集成教育部重点实验室、计算机网络技术江苏省重点实验室等一批实验基地，还建有东南大学CIMS技术中心、东南大学信息安全技术中心等交叉学科研究机构及医学影像与精确诊治研究中心。

经过40多年的建设，东南大学计算机科学与工程学院在顾冠群院士率领下，形成了以计算机网络和数据库技术研究和应用为龙头，带动整个学科发展的特色，完成了大量国家和省部级重要科研项目，获得较多的国家和省部级科技进步奖项，为国家和地方经济和信息化建设做出了贡献，成为国内具有明显特色和较高学术水平的计算机院系。