有证房和无证房的主要区别体现在以下几个方面：

法律效力：有证房在房管局有备案，可以在政府相关部门进行正常的产权变更、抵押等活动，而无证房则没有备案，其产权合法性难以得到官方的正式确认。

交易风险：由于无证房缺乏必要的产权证明，因此存在较大的交易风险。一旦发生纠纷，无证房可能无法得到法律的有效保护。

贷款能力：有证房通常可以正常申请银行贷款，而无证房则因为缺乏合法产权证明而无法获得贷款。

税收差异：在交易过程中，有证房和无证房的税收也会有所不同。例如，小产权房（即无证房）在大规模拆迁或其他活动中可能无法得到合理的补偿。

产权归属：有证房明确规定了房屋的产权归属，而无证房则可能导致产权混乱，难以确定真实的产权所有人。

法律保护：有证房受到政府的法律保护，能够确保产权的真实性和合法性，而无证房则可能面临随时被拆除或者没收的风险。

市场流通性：有证房的市场流通性好，容易找到买家；而无证房则因为缺乏合法手续，流通性较差。

合法性：有证房是国家颁发的产权证，经过了政府房地产行政机关的审查确认，是无证房所不能比拟的。

房产来源：有证房通常是开发商开发的商品房，而无证房可能是违章建筑或者是未经正规审批的私搭乱建。

综上所述，有证房和无证房的最大区别在于它们的合法性、产权清晰度、交易风险以及法律保护等方面。