1、组成成员不同。南联盟由塞尔维亚和黑山两个部分组成，南联邦由塞尔维亚、黑山、波黑、克罗地亚、斯洛文尼亚、北马其顿共六个部分组成。

2、成立时间不同，南联盟是在南联邦解体后成立的。