在卖菜过程中，除去损耗计算毛利润的方法如下：
首先，需要计算出生鲜损耗的金额，这可以通过将损耗数量乘以移动平均进价得到。然后，用销售额减去损耗金额，得到的是毛利润。为了更准确地反映经营情况，还可以使用金额损耗率这一指标，它等于损耗金额除以（损耗金额+销售额）再乘以100%。最后，将毛利润除以销售额，即可得到毛利率，这一指标可以直观地反映卖菜的增值部分。
【法律依据】：《中华人民共和国个人所得税法》 第六条 应纳税所得额的计算：
居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。