住院社保的报销比例较高，而新农合的报销比例相对较低。
社保的报销比例一般为70%-80%，新农合的报销比例一般为50%-70%，尤其是异地报销的时候，报销比例可能只有30%-40%。
社保包含养老保险、医疗保险、失业保险、生育保险和工伤保险，是企业为员工购买的保障性待遇和福利，也是国家强制性购买的。新农合现在已经和城镇居民医疗保险合并统称城乡居民医疗保险。
医保与社保有区别。
1、概念不同：社保是国家统一规定的，对一些暂时失去劳动岗位或者因健康原因造成的损失，所提供的一种补偿的社会经济制度。医保是医疗保险，为其生病所产生的合理范围内的费用可以进行报销。
2、功能不同：社保卡的功能比较广泛，不仅具有医保卡功能，还是办理各项社保业务的重要凭证，比如说领取失业金，医保卡的功能比较小，只能用于在医院或药店用来享受医保待遇。
3、使用范围不同：医保卡一般是在办卡地医院进行使用报销，如果需要进行异地报销还需要异地备案，而社保卡按照国家人社部统一部署，社保卡将实现“一卡多用、全国通用”。
4、发卡部门不同：社保卡是由人力资源社保部门发送，而医保卡则由当地银行承办。
5、属性不同：社保卡不仅仅是一张社保卡，还是一张银行卡，我们可以使用社保卡金融账户进行存取款、刷卡，医保卡只能用于医疗，例如在医院住院报销结算使用。
需要根据具体情况来判断。
首先，社保的报销比例通常较高，一般在70%～80%之间，具体数额可能根据地区和具体政策有所不同。而新农合的报销比例相对较低，大约在50%～70%之间。在异地报销的情况下，新农合的报销比例可能会更低，可能只有30%～40%。
其次，住院报销的比例也会因医院等级的不同而有所差异。新农合主要让农民在乡镇卫生院报销更多，起付线较低，而在城市的大医院报销则相对较少。而社保的医保在大医院的报销比例稍高一些。
此外，社保和新农合在报销范围上也有所不同。新农合主要覆盖门诊补偿、住院补偿以及大病补偿等项目，而社保的医保则主要用于看病报销，包括住院医疗费用报销、生育补助以及普通门诊等统筹医疗费用的报销。
综上所述，社保在报销比例和报销范围上通常优于新农合。然而，具体的报销金额还会受到个人缴费情况、医疗费用、医院等级等多种因素的影响。因此，在选择使用社保还是新农合进行住院报销时，应根据个人实际情况和当地政策进行综合考虑。