当饿了么订单因超时而触发退款后，关于商品的后续处理，实际上会根据具体情况和商家的策略有所不同。以下是可能的情况和建议：

商品保留：有些商家在收到退款请求后，会选择保留已制作的商品。这可能是因为商品已经接近完成，重新制作或处理可能会增加成本。在这种情况下，商家可能会与顾客沟通，看是否可以取消退款，或者将商品以折扣价出售给顾客。

商品处理：对于无法再出售或重复使用的商品，商家可能会选择将其丢弃或进行适当的处理。例如，食品类商品可能会因为卫生和安全问题而不能再次出售，商家会按规定进行废弃处理。

退款与补偿：当订单因超时导致退款时，商家可能会选择提供其他形式的补偿，如优惠券、积分或其他形式的赠品，以表示对顾客不便的歉意。这样的补偿可以帮助商家维持与顾客的良好关系，并鼓励顾客再次下单。

预防与改进：对于商家来说，处理超时退款并不仅仅是解决当前问题，更重要的是预防类似情况再次发生。商家可能会分析导致超时的原因，如订单量过大、配送员繁忙或其他因素，并采取相应的措施进行改进，如增加配送人员、优化订单分配等。

综上所述，饿了么超时退款后商品的处理方式取决于多个因素，包括商家的策略、商品的性质以及顾客的意愿。对于顾客来说，如果收到退款，最好与商家沟通确认商品的后续处理方式，以免造成不必要的误解或浪费。同时，如果商家提供了补偿或解决方案，顾客也可以考虑接受或提出自己的建议，以共同促进更好的消费体验。