大约40亿年前，包裹着莉莉丝的陨石名叫黑之月撞击地球，其碎片组成了月球，人类从莉莉丝中诞生。这就是第一次冲击。但是在莉莉丝到来之前亚当已经存在于地球，并且生出了使徒但是他们都在沉睡当中。到了2000年9月13日人类发现了亚当（亚当在南极）并进行接触实验，谁知却唤醒了亚当引发了第二次冲击，全球一半人口灭亡，但是亚当却被控制住了。整个事件被谎称为是陨石灾难。

而联合国根据死海文书记载得知未来还会有第三次冲击，届时人类就会完全灭亡，第三次冲击的引发条件就是使徒回归亚当。联合国希望有人类制动掌握第三次冲击，目的是让人类回归莉莉丝成为一个整体，变成神。于是成立了seele，seele之下成立了nerv。nerv根据亚当复制出了eva（初号机是根据莉莉丝复制出的）来和使徒战斗。然而nerv中啶渡原确有其他想法。他的妻子碇唯知道第三次冲击的预言，为了让人类延续下去自己和初号机融合，借此躲避第三次冲击。而啶渡原的想法是借由亚当与莉莉丝融合重造世界，复活碇唯。于是故事来到了第一集。其实eva的主旨是在描述各个人物的心里，最主要的是碇真嗣等人的心结打开。