引起烂豆芽的常见原因有：用水不清洁，水中含有机物多，常有致腐的细菌；淋水不及时，不均匀引起；培育豆芽的容器等未消毒干净，或者沾有油污；豆种本身已发霉变质或带有病菌，还有些病虫粒和破瓣粒则不会发芽，亦容易腐烂；气温变化无常，容易发生烂豆芽；培育豆芽时温度过低，延长了预芽的天数，也容易导致病菌的侵染与蔓延，从而导致烂豆芽；培育豆芽时的温度过高，而淋水时的水温又过低，也易造成烂豆芽；未使用干净的水每天清洗豆芽。
发豆芽前浸泡是为了先唤醒豆子的休眠状态，减少生芽时间。
植物生长要有3个必须条件：水份、温度、空气，在有足够温度和空气的情况下，那么只要有水就可以发芽了。
下面是发豆芽的方法：首先要挑选好的黄豆，在冷水里洗几遍，沥干水，放进没有油的干净容器里，倒入清水至淹没黄豆。
第二天黄豆发胀以后，再用清水洗一遍，沥干水，最后用湿布覆盖在黄豆上。
此后每天用清水洗一遍，等到四五天以后，黄豆初露嫩芽时，每天早、中、晚用清水各洗一次，以免黄豆芽发黏，豆子上边一定要盖好湿布，保持湿润的同时，不能让豆子见风，等豆芽长到一寸来长的时候就可以吃了。