鱼类分类学研究鱼类的分类、进化、系统发育和地理分布等方面的学科。它是鱼类学的一个主要分支，也是动物分类学的一个组成部分。可分为下列几类，现介绍如下：

按栖息环境分类：根据鱼的栖息环境，可分为淡水鱼，海水鱼和汽水鱼。

按生活习性分类：根据鱼的生活习性，可分为溯河洄游鱼，降海洄游鱼，底栖鱼，浮游鱼和淡水定居鱼。

按食性分类：根据鱼的食性，可分为植食性、肉食性、杂食性、腐食性和寄生性。

按演化关系分类：根据鱼类之间的演化关系，又可分为原始鱼，软骨鱼和硬骨鱼等。

尽管鱼类的系统分类意见不完全统一，但可以肯定，根据鱼类骨骼的不同，存在着板鳃鱼类和硬骨鱼类两大类。板鳃鱼类骨骼为软骨，大多数是生活在海水之中。硬骨鱼类骨骼为硬骨，可以生活在海水，淡水，半咸水中。