鼓浪屿上总共有三个码头，分别是三丘田码头，内厝澳码头和钢琴码头。游客白天去鼓浪屿一般是从东渡码头坐船去鼓浪屿，目的地有两个分别是三丘田码头和内厝澳码头或者从海沧嵩屿码头坐船到内厝澳码头。
首先，第一个区别就是从东渡厦鼓码头到内厝澳码头多了一个豪华轮船，票价是五十元每人次，比普通船票贵十五元。
其次，三丘田码头是在靠近热闹街道龙头路还有一些景点较近的地方，而内厝澳码头几乎是在跟这个相反的岛的另一头，要到热闹点的地方要绕半个岛。如果住宿是选择在内厝奥那边是可以坐船到那个码头下，如果不是建议还是选择三丘田码头。
三个，具体区别在以下四方面。
1.承运对象方面。
钢琴码头主要供居民乘坐，游客不再在这里上船，而其他两个码头承运游客。
2.有否豪华轮船方面。
只有内厝澳码头有往返东渡厦鼓码头的豪华轮船。
3.交通住宿条件方面。
三丘田码头靠近热闹景点，而内厝澳码头到景点很远，住宿不方便。
4.夜晚有否运营方面。
内厝澳码头夜晚就停运了，而三丘田码头通宵运营。
选择鼓浪屿出发的码头需要根据实际情况进行选择。
福州市有两个码头，一个是福州港码头，一个是闽南码头。
离市区较近的是福州港码头，但是离鼓浪屿较远，需要乘坐汽车或者出租车前往；而闽南码头离鼓浪屿较近，但是离市区较远，需要提前安排交通工具前往。