三合一隐形连接件在使用时，需要用到不同直径的钻头来打孔。具体来说：
主孔：通常使用直径为3mm的钻头来打孔，这是三合一连接件中的主要部分，用于家具制作中。
螺丝孔：为了确保连接件和家具的平稳牢固，不易松动，应使用直径为2.5mm的钻头来打孔安装螺丝。
如果三合一过滤盒太浅，可以考虑改造，加深盒子的高度。这可以通过购买适合的隔板、增加过滤物或使用悬挂式过滤器等方法实现。另外，可以尝试增加水流速度，以增加过滤效率。但改造前需要仔细考虑水族箱的设计和过滤器的适用性，以确保改造后的过滤效果和水族箱的稳定性。