如果两个国有单位之间的房产证买卖合同与不动产登记部门的记录不一致，应该及时联系当地不动产登记部门进行调解，并提交相关证明材料。如果调解不成功，可以考虑通过法律途径解决。保持积极沟通和及时维权可以促进问题的妥善解决。