《斗破苍穹》动画版第91集停更的原因主要有以下几点：

1. 制作方更换：有消息称，制作方幻维数码可能会被更换。这主要是因为第41集删减了美杜莎女王的剧情画面，引起了许多网友的不满。尽管幻维数码公司按照要求完成了这些剧情，但最终的决定是由出品方做出的，迫使幻维数码公司不得不将这些剧情删减。

2. 动画制作质量和资源需求：动画制作需要耗费大量的时间和资源，为了确保动画的质量，制作公司可能需要更多的时间来完成动画的制作。

3. 真人电视剧版本的影响：考虑到真人电视剧版本《斗破苍穹》的制作，腾讯公司和电视制作方协商后决定暂停动画的更新，以便真人电视剧能在市场上获得更大的商业价值。

4. 收视率的不稳定性：制作公司可能需要更多的时间来评估动画的受欢迎程度，以便决定是否继续更新。

虽然《斗破苍穹》动画版的更新目前暂停，但这并不意味着这个项目已经结束。制作公司和腾讯视频等平台可能会根据观众的需求和市场的反应来决定是否恢复更新。