管理连锁店公司与合资伙伴共同开设的直营店涉及多个方面，以下是一些建议：

明确股权结构和职责分工：首先，要明确连锁店公司与合资伙伴之间的股权结构，以及各自的职责和权利。这有助于确保双方在合作过程中有明确的角色和期望。

制定详细的管理制度和流程：为了确保直营店的高效运营，需要制定详细的管理制度和流程，包括人事管理、财务管理、采购管理、销售管理等方面。这些制度和流程应该考虑到双方的利益和需求，并确保双方都能遵守。

建立有效的沟通机制：双方应该建立定期的沟通机制，如月度或季度会议，以及日常的工作沟通，以便及时分享直营店的经营情况、解决问题和协调工作。

培养和引进优秀人才：直营店的成功运营离不开优秀的人才。双方应该共同努力培养和引进具备专业知识和管理经验的人才，以提升直营店的整体运营水平。

共同制定并执行营销策略：双方应该共同制定直营店的营销策略，包括品牌定位、市场推广、促销活动等。同时，要确保双方在执行营销策略时保持一致性和协同性。

建立风险管理和应对机制：直营店在运营过程中可能面临各种风险，如市场竞争、政策变化等。双方应该共同建立风险管理和应对机制，以便及时识别风险并采取相应措施。

定期评估和调整合作方式：双方应该定期对合作方式进行评估，以便及时发现问题并采取改进措施。同时，要根据市场变化和直营店的发展情况调整合作方式，以确保合作的持续性和稳定性。

总之，管理连锁店公司与合资伙伴共同开设的直营店需要双方共同努力和协作。通过明确股权结构和职责分工、制定管理制度和流程、建立沟通机制、培养和引进人才、制定营销策略、建立风险管理和应对机制以及定期评估和调整合作方式等措施，可以确保直营店的高效运营和持续发展。