综合所得年度汇算补交税款的原因可能有多种。首先，个人所得税是按照年度累计预扣预缴的，每个月的工资收入不同，对应的税率和速算扣除数也不同。在年度汇算时，如果实际应纳税额超过了预缴税额，就需要补交税款。其次，有些人在一年内可能会有多份收入，如工资、稿酬、劳务报酬等，这些收入在预缴时可能没有完全纳入考虑，导致预缴税额不足，需要在年度汇算时补交。此外，还有一些扣除项目，如专项扣除、专项附加扣除等，如果在预缴时没有完全申报或者申报不准确，也可能导致年度汇算时需要补交税款。

因此，综合所得年度汇算补交税款是一种正常的税务处理方式，旨在确保个人所得税的公平性和准确性。在年度汇算时，建议认真核对自己的收入和扣除项目，确保申报准确无误，避免不必要的税务风险。