东京大学同世界18个国家地区36所大学签订了校际学术交流协定，其中有中国的北京大学、清华大学、复旦大学和中国社会科学院。

学生相互交流的有8国13所大学。

个别学院、部门开展学术交流的有8国14所大学，其中有中国科学技术大学、北京林业大学、大连理工大学。

北京大学：简称“北大”，诞生于1898年。

初名京师大学堂，是中国近代第一所国立大学。

清华大学：简称“清华”，始建于1911年。

由中华人民共和国教育部直属，中央直管副部级建制，位列“211工程”、“985工程”、“世界一流大学和一流学科”。

复旦大学：简称“复旦”，创建于1905年，位于中国上海，由中华人民共和国教育部直属，中央直管副部级建制，位列211工程、985工程、双一流A类。

中国社会科学院：是中共中央直接领导、国务院直属的中国哲学社会科学研究的最高学术机构和综合研究中心，其前身是1955年成立的中国科学院哲学社会科学部。