不同点：
1.高等教育自学考试本科是指在总体上与一般普通高等学校本科同类专业水平相一致的自学考试专业类型。
自考本科是我国基本高等教育制度之一，自考本科的考生不受学历、年龄、地区等的限制，参加国家组织的统一考试，成绩合格后由主考学校和高等教育自学考试委员会联合颁发大学毕业证书，是国家承认学历，学信网可查的学历证明。
2.独立本科，是指“专升本”的本科，是为已取得专科学历的人继续学习而设置的，考生可根据自己原学专业加考几门或直接参加独立本科段的学习。
3.自考本科段与其基础科段有直接的衔接关系。
而独立本科段是在专科层次起点基础上又独立于专科层次的自学考试专业类型，这类专业与同专业的专科没有直接的衔接的关系。