结局最后日本的3人和中国的3人在桃源林里下棋江流儿 vs 山崎 赢了！棋归王 vs 黑木 输了！方百花 vs 小百合赢了！中国3人组以2：1战胜日本3人组结局：棋鬼王离开了天玄棋官走了！而江流儿又回凌云寺连天地大同了！而百花成为了国手 成为天下第一女棋手！
嫁给了江流儿。
《围棋少年》作为是95后的经典回忆一共出了两部，作为主角的江流儿和芳百花年少相识，智趣相投，自然是观众心中的一对cp，但是在第二部结尾处两人一不过十几岁的年纪，还不到谈婚论嫁的时候，而方百花的姥爷老棋鬼王曾经要把孙女许配给棋鬼王，这也是一处伏笔，在动漫结尾，江流儿要跟川木去日本，相信回来后江、方两人的情感会进一步升华，互表心意吧。
围棋并非简单地将对方围起来就赢了。在围棋中，需要将对方的棋子围得无路可走，使其无法逃脱，才能吃掉对方的棋子。当对方的棋子被吃完后，即表示对方输掉一局。因此，围棋的胜利需要综合考虑棋盘上的整体局势和对手的棋子分布情况，而不仅仅是简单地将对方围起来。