原产地和育种方式：青稞4号蛋鸭是由中国农科院北京畜牧兽医研究所和西藏农牧科学院畜牧兽医研究所共同培育的，以西藏当地自然生产的青稞为主要饲料。而江南2号蛋鸭是由浙江省农科院畜牧兽医研究所等单位在绍兴鸭高产系的基础上引入国外优秀蛋鸭品种、应用现代育种最新技术选育而成的。

产蛋性能：青稞4号蛋鸭在500日龄时的产蛋量为300个左右，总蛋重为21公斤左右，蛋料比为1:2.76。而江南2号蛋鸭在500日龄时的产蛋量为324.3个，总蛋重为21.75公斤，蛋料比为1:2.76，产蛋高峰期为250天。因此，江南2号蛋鸭的产蛋性能略高于青稞4号蛋鸭。

适应性：青稞4号蛋鸭适合在海拔3000米以上的高寒地区饲养，而江南2号蛋鸭不仅适合于温暖潮湿的南方地区饲养，也适应西部和北方气候寒冷干燥的环境，可以在寒冷干燥地区离地饲养和笼养。因此，江南2号蛋鸭的适应性更广泛。

抗病能力：青稞4号蛋鸭的产蛋期成活率为98.94%，培育期成活率为97.5%。而江南2号蛋鸭的产蛋期成活率高达98.94%，培育期成活率达97.5%。虽然两款蛋鸭的抗病能力都很强，但具体差异需要进一步的数据比较和分析。

公鸭肉质：青稞4号蛋鸭的公鸭肉质好，具有野鸭风味。而江南2号蛋鸭的公鸭肉质情况并未提及。

总体来说，青稞4号蛋鸭和江南2号蛋鸭在原产地、育种方式、产蛋性能、适应性和抗病能力等方面存在一定差异。具体选择哪款蛋鸭需要根据实际需求和饲养条件进行判断。