江苏海洋大学有17个研究生专业，分别是：1、海洋科学与水产学院
2、海洋技术与测绘学院
3、海洋工程学院
4、土木与港海工程学院
5、机械工程学院
6、电子工程学院
8、食品科学与工程学院
9、计算机工程学院
10、药学院
11、理学院
12、商学院
13、文法学院
14、MPA教育中心
15、外国语学院
17、马卡洛夫海洋工程学院
江苏海洋大学最好的专业是海洋技术（工学）1. 江苏海洋大学是一所以海洋科技为主旨的大学，海洋技术也是该校最为优秀的专业之一；2. 该校的海洋技术专业教学设施齐全，教授及学者经验丰富，其课程涵盖了海洋信息技术、海洋环境保护等领域，更加符合当今社会的需求；3. 海洋专业的毕业生不仅在专业领域有着扎实的基础，还具备了创新思维和团队合作精神，有很好的职业前景和发展方向。
此外，江苏海洋大学的水产养殖专业，海洋生物技术专业也是该校优秀的专业之一。