根据蛋白质的序列或结构差异关系可构建分子进化树或种系发生树。

进化树给出分支层次或拓扑图形，它是产生新的基因复制或享有共同祖先的生物体的歧异点的一种反映，树枝的长度反映当这些事件发生时就存在的蛋白质与蛋白质之间的进化距离。

根据进化树不仅可以研究从单细胞有机体到多细胞有机体的生物进化过程，而且可以粗略估计现存的各类种属生物的分歧时间。

通过蛋白质的分子进化树分析，为从分子水平研究物种进化提供了新的手段，可以比较精确的确定某物种的进化地位。

对于物种分类问题，蛋白质的分子进化树亦可作为一个重要的依据。

进化树在生物学中，用来表示物种之间的进化关系。

生物分类学家和进化论者根据各类生物间的亲缘关系的远近，把各类生物安置在有分枝的树状的图表上，简明地表示生物的进化历程和亲缘关系。

在进化树上每个叶子结点代表一个物种，如果每一条边都被赋予一个适当的权值，那么两个叶子结点之间的最短距离就可以表示相应的两个物种之间的差异程度。

从进化树中还可看出：生物进化有一个规律，都是从水生到陆生，从低等到高等。