咖啡因是咖啡的主要原料，它能刺激肝脏，使人思维变得清晰并减少疲劳。
但是，咖啡因的副作用不可忽视。
喝大量咖啡的人容易变得神经质；容易导致皮肤干燥；容易使牙齿变黄；心脏病发作的可能性要高出百分之五十；咖啡因虽会增加钙质排泄，但并非造成骨质疏松的高危险因素，钙质的摄取不足才是主要原因，因此仍建议应该注意钙质的充分摄取。
咖啡对血脂肪、血压、心脏病与癌症的发生率，目前研究人员还没有足够证据显示咖啡因相关性。
喝咖啡过量虽然可能会妨碍胎儿的发育，但未能证实是否会导致早产或婴儿出生体重不足。
不过仍然奉劝孕妇少喝咖啡为妙，已有够多的研究指出咖啡因会降低妇女受孕的机会，增加流产的风险，阻缓胎儿的发育。
美国范德比尔特大学咖啡研究所所长马丁教授认为，当人体内氧与其他化学物质混合在一起时，会形成盲目破坏细胞和身体组织的有害物质，这是心脏病、血管病、肿瘤、免疫机制衰退和神经衰弱的致病原因。
好处：1、抗氧化。
咖啡中含有的咖啡因、咖啡酸、绿原酸等成分，可有效抵抗自由基。
2、保护心脏血管。
咖啡含有高成分的多酚化合物，可以溶解血液凝块及阻止血栓的形成。
3、提神醒脑。
咖啡因所含的咖啡因会刺激脑部的中枢神经系统，延长脑部清醒的时间，使思路清晰、敏锐，且注意较为集中，可提高工作及学习的效率。
4、抗忧郁。
适量饮用咖啡可使精神振奋，心情愉快，舒解忧郁5、控制体重。
咖啡因可能提高人体消耗热量的速率，一项研究发现100毫克的咖啡因（约1杯咖啡），可加速脂肪分解，能使人体的新陈代谢率增加3%~4%，增加热能消耗，有减重效果坏处：1、咖啡中的醇类影响胆固醇代谢，会提升血胆固醇量。
2、加剧高血压。
3、如果长期且大量喝咖啡，容易造成骨质流失，对骨量的保存会有不利的影响，对于妇女来说，可能会增加骨质疏松的威胁。
1.咖啡因有助于提高警觉性、灵敏性、记忆力及集中力，但饮用超过比平常所习惯饮用量的咖啡，就会产生类似食用相同剂量的兴奋剂，会造成神经过敏，对于倾向焦虑失调的人而言，咖啡因会导致手心冒汗、心悸、耳鸣这些症状更加恶化；
2.咖啡因本身具有的止痛作用，常与其他简单的止痛剂合成复方，因此，高血压的危险人群尤其应避免在工作压力大的时候喝含咖啡因的饮料；
3.咖啡因本身具有很好的利尿效果，如果长期且大量喝咖啡，容易造成骨质流失，对骨量的保存会有不利的影响，对于妇女来说，可能会增加骨质疏松的威胁。