文昌鱼是从低级无脊椎动物进化到高等脊椎动物的中间过渡的动物，也是脊椎动物祖先的模型。
脊椎动物中的进化依次排列为文昌鱼、鱼类、两栖类、爬行类、鸟类、哺乳类、人类。
文昌鱼在脊椎动物起源与演化研究中占有极其重要的位置，是研究脊椎动物及其组织器官系统发生以及研究进化发育生物学、比较功能基因组学和比较免疫学的理想模式生物，对揭示包括人类在内的脊椎动物基因组的进化有很高的学术研究价值。
文昌鱼的摄食、排泄等机能象无脊椎动物的形式，但血管系统、呼吸系统、神经系统和胚胎发生过程有了脊椎动物的模样。
文昌鱼有许多其他器官与脊椎动物同源，如可搏动的腹大动脉、动脉等，呈现出脊椎动物器官发育的早期状态，是研究脊椎动物器官系统发育的理想模式生物。
在基因组水平上，文昌鱼基因组长度大约只有高等脊椎动物基因组的百分之17。
鱼类眼睛的特点如下：鱼眼的水晶体是圆球形的，只能看到比较近的物象，它们眼睛的水晶体弯曲程度无法改变；鱼类的眼睛虽然近视，但其眼睛的视野比人要广阔得多，而且它们的反应很是灵敏；鱼类的眼睛一般位于头的两侧，鱼眼位置也随其体形及生活方式的变化而不同；鱼眼一般较大，这可能与水中光线较弱，影响视力有关；鱼类的眼睛是没有泪腺的，也没有真正的眼睑，其眼完全闭不上，故鱼儿即使睡觉也睁着眼。
鱼类种类繁多，体态各异，生活习性各有特点，它们的运动方式也多种多样。
1.鱼类游泳的主要方式是依靠身体两侧体壁肌肉以及尾部肌肉的伸缩、左右摆动而向前快速前进。
2.鱼类大都依靠鳍的动作游泳。
尤其那些鳍形较大的鱼种对鳍的依赖更明显，它们以长大的奇鳍或偶鳍的肌肉不断伸缩引起波动，推动身体前进。
我们在淡水中常见的鱼类如鲤鱼、草鱼、青鱼等，它们的鳍虽不那么发达，但在游泳和保持身体平衡方面都发挥重要作用。
3.不少鱼靠鳃孔喷水使身体前进。