多联式空调机组其工作原理是：由控制系统采集室内舒适性参数、室外环境参数和表征制冷系统运行状况的状态参数，根据系统运行优化准则和人体舒适性准则，通过变频等手段调节压缩机输气量，并控制空调系统的风扇、膨胀阀等一切可控部件，保证室内环境的舒适性，并使空调系统稳定工作在最佳工作状态。
两者的区别：
1.健康：多联机室内走氟系统，室内空气过于干燥，而且易出现空调病，除湿性能强，阴冷体感性能差，一旦泄漏有害身体健康；模块及室内走水管道水为载冷剂，既保证空气质量有照顾到体感要求，泄漏无害身体健康；
2.电磁辐射及干扰：多联机变频器产生的高频辐射不仅对人身体不宜，本身运行可靠性能不高；模块机电路简单没有任何辐射运可靠性强；
3.室内末端维护：多联机主机、末端要求控制系统配套，内机价格高且不具有通用性；模块机采用风机盘管通用性很强，更换维修方便，价格低廉，每个房间独立控制互不影响；
4.控制系统：多联机操作简单但局部故障会以点破面，整套系统瘫痪；模块机多一套控制系统，但每台机器都为独立互不干扰。
<解释如下：
1.通过压缩机的开停控制制冷制热量，多联机的最大优点就是变流量变负荷，因此可以宽范围的满足从开一台到开多台的需要。
2.室内机结构形式只有分体壁挂式和分体柜式两种形式，多联机室内机结构形式非常多样， 如柜机、挂壁机、坐吊两用机、嵌入机、吊顶机、风管机、导管暗藏式等，其用户可根据房间结构的需求任意选择不同款式的内机。
3.多联机的使用控制比较多样并且比较便利，即应具备集中控制、单独控制、网络控制等的自由组合控制，满足用户在不同条件下的使用的便利性要求。
4.多联机一个或多个外机带多个室内机其配管和配线是总管或总线采用分歧的方式配给各内机，且应具备室内外机之间的长配管、高落差功能以满足不同环境的安装要求，多联机的安装是一项工程，需要专门的设计和 施工队伍，另外维修技术要求高。