就读初中二年级的鹿目圆，过着平凡幸福的生活。
神秘转学生晓美焰的出现，开始让小圆的命运有了巨大转变。
某日一只名为丘比的神秘生物，希望小圆能够与它签订魔法契约，成为“魔法少女”以对抗邪恶的魔女保护世界。
正当小圆犹豫烦恼之时，好友沙耶香先一步成为“魔法少女”后，两人才发现原来签订契约后，需付出的代价远比远比想象中巨大甚至残酷，这一切真相再次冲击小圆想成为“魔法少女”的想法。
《网游二次元》，作者是裂壳的鸡蛋；《备胎大联盟》，作者是神话级备胎；《穿越吧死宅男》，作者是北辰墨；《今天也是魔法少女呦》，作者是蓝冰夜光；《那些年感动我们的魔法少女》，作者是归来的黑暗；《魔法少女之骑士传说》，作者是同尘微光；《魔法少女的圣杯战争》，作者是梅菲斯特之眼；《我才不是魔法少女》，作者是圆神VS丘比娘；《扰乱下的圆环之理》，作者是麻酒；《魔法少女小圆之星盟警探》，作者是薯大帝；《七色神圣夜》，作者是梅菲斯特之眼；《巴麻美的旅途》，作者是自动书记；《魔法少女小萱》，作者是死亡旋律。
所谓的欺骗本身我们就无法理解，为何人类总在自己判断失误而后悔时，却一昧地憎恨别人呢。
不是我没说，是你们没问啊。
这个国家把成长期的女性称为少女，那么终将成为魔女的你们，就该称为魔法少女吧。
现在的小圆，只要十天就能毁灭地球了吧，剩下就是你们人类的问题了。
大功一件啊，晓美焰，你替我们把鹿目圆培养成最强大的魔女了。
好比说你会对家畜产生愧疚感吗，它们是经历了什么才摆上你们的餐桌的。
现在的人口有六十九亿，而且每四秒就增加十人，为何你们要执著单一个体的生死呢。
明明不想知道真相，却又不断追寻，你们人类的好奇心真是不讲理呢。
鹿目圆忘记自己是神，晓美焰忘记自己是魔女。
得出结论了，利用你们人类的感情太危险了。