水稻杂交有“两系”与“三系”之分。
“两系”的方法：是一种特殊的水稻（光温敏不育系水稻），由其光温敏感表现出杂交水稻培育中所需的不育系（母本）和恢复系（父本）。
也就是说其育性转换与日照长短和温度高低有密切关系，在长日高温条件下，它表现雄性不育；在短日平温条件下，恢复雄性可育。
“三系”的方法：其中之一便是使用雄性不育系（A）、保持系（B）和雄性不育恢复系（R）来配制杂种一代。
由于这种利用水稻杂种优势的方法需要不育系、保持系和恢复系配套，故称为三系法杂种优势利用。
两者的区别如下：转基因水稻是物种基因实质改变，而杂交水稻的基因没有改变。
1.转基因水稻的概念：转基因水稻是指通过转基因技术将不同品种水稻或近缘物种的抗虫基因、抗病基因等导入某种水稻基因组内培育出的水稻品种。
2.杂交水稻的概念：杂交水稻是指选用两个在遗传上有一定差异，同时它们的优良性状又能互补的水稻品种，进行杂交，生产具有杂种优势的第一代杂交种，用于生产。
它的育种思路是选一种各方面性状都好就某些方面差的品种A，再选一个有一个或几个性状好的品种B，让这两个品种的性状正好互补。
最大的弊端是杂交稻的亲本中用到雄性不育系，有潜在的不育危险。
如果遇到不良天气，一个杂交水稻品种群体中很多植株表现不育，大幅度减产，给种植者带来严重损失。
并且优势只能保持一代；育性可能低。
南方的中、晚稻甚至粳稻的品质问题也比较大。
就全国而言，稻米品质在南、北方都不同程度存在一些问题。