各地申请综合计算工作制的程序都不一样，申请实行不定时工作制和综合计算工时工作制的企业，应当填写《企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制申请表》并递交下列申请材料：
1.企业营业执照副本复印件和组织机构代码证复印件。
2.企业实行不定时工作制或综合计算工时工作制对员工工作和休息安排的计划。
要求实行不定时工作制和综合计算工时工作制的企业，可按不同的审批权限分别向市劳动保障局或区县劳动保障局提出申请：
1.企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的，应当向企业工商登记注册地的区县劳动和社会保障局提出申请。
2.企业实行以年为周期综合计算工时工作制的，应当向市劳动和社会保障局提出申请。
综合计算工时工作制是指因工作性质特殊或者受季节及自然条件限制，需在一段时间内连续作业，采取以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度，如建筑、旅游等岗位。
但其平均工作时间和平均周工作时间与法定标准工作时间基本相同。
按劳动和社会保障部的相关文件规定，可以实行综合计算工时工作制的职工有三种：
1.交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊，需连续作业的职工；
2.地质及资源勘探、建筑、制盐、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工；
3.其他适合实行综合计算工时工作制的职工。
1.综合计算工时工作制采用的是以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同，在综合计算周期内，某一具体日或周的实际工作时间可以超过8小时或40小时，但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间，超过部分应视为延长工作时间并按《劳动法》第四十四条第一款的规定支付工资报酬，其中法定休假日安排劳动者工作的按《劳动法》第四十四条第三款的规定支付工资报酬，而且延长工作时间的小时数平均每月不得超过36小时；
2.综合工时制度是针对因工作性质特殊，需要连续作业或者受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用以周、月、季、年为周期综合计算工作时间的一种工时制度，但职工平均周工作时间和平均月工作时间应与标准工时间基本相同，主要适用于交通、铁路、邮电、水运、航运、渔业等行业中因工作性质特殊，需要连续作业的职工，地质、石油及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工等，根据《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》的要求，职工平均工作时间应不超过8小时每天、40小时每周、166小时每月、500小时每季、2000小时每年，超出部分属于延长工作时间，用人单位须支付加班费用。