具体原因如下：
1.秦琼只是武功高强是个合格的战将、猛将，而并不是统领一方的统帅，更不是一个合格的政治家。
2.秦琼在凌烟阁24位功臣中敬陪末席，他的声望和功名都要略逊于尉迟恭，但英勇善战却不相上下。
3.秦琼在民间的知名度很高，如京剧《秦琼卖马》、相声《关公战秦琼》都是以他为题材的，这和他在传统小说《说唐》中被描绘成智勇双全、行侠仗义有关。
补充解释如下：秦琼的经历也很曲折离奇，由隋军将领到瓦岗寨义军将领，义军失败后投降王世充，最后辗转投唐。
历史上的秦琼以勇猛彪悍著称，每逢征战总是一马当先，斩将夺旗，勇冠三军，令敌闻风丧胆。
唐武德二年大破尉迟恭于美良川，功居第一，迫使对手归降，这也是《说唐》中“三鞭换两锏”典故的出处。
武德九年他参与玄武门兵变，但对政治斗争相对超脱，显然没有尉迟恭、侯君集等人积极，事后因功拜左武卫大将军，食封七百户。
秦琼在《隋唐演义》与尉迟恭并列排名第十三。
在《隋唐演义》中的十三好汉分别为：
1.李元霸，
2.宇文成都，
3.裴元庆，
4.雄阔海，
5.伍天锡，
6.伍云召，
7.罗成，
8.杨林，
9.魏文通，
10.秦用，
1
1.尚师徒，
1
2.梁师泰，
1
3.秦琼和尉迟恭。
《隋唐演义》的整体结构以史为经，以人物事件为纬，以隋炀帝、朱贵儿、唐明皇、杨玉环的“两世姻缘”为“大框架”，自隋文帝起兵伐陈开始，到唐明皇从四川还都去世而终，记说了隋唐一百七十多年的历史，作者是清朝褚人获。
全书共一百回，六十六万五千字。
以隋末农民起义为故事背景，讲述隋朝覆灭与大唐建立的一段历史演义。
秦琼排名靠后主要是因为他只是武功高强，是个合格的战将、猛将，而并不是统领一方的统帅，更不是一个合格的政治家。
秦琼属唐初的猛将型人才，既和政治家靠不上边，也算不上统帅级的军事家。
仅凭匹夫之勇便取得青史留名的巨大成就，最主要的因素还是其武勇适应了唐初统一战争的需要，可见拥有相对专业的特长并适应时代的需要，是一个人事业有成的关键。