他研究了微生物的类型、习性、营养、繁殖、作用等，奠定了工业微生物学和医学微生物学的基础，并开创了微生物生理学。
并把微生物发酵原理广泛应用于指导工业生产，开创了微生物工程，在战胜狂犬病、鸡霍乱、炭疽病、蚕病等方面都取得了成果。
微生物之父是巴斯德，巴斯德研究了微生物的类型、习性、营养、繁殖、作用等，把微生物的研究从主要研究微生物的形态转移到研究微生物的生理途径上来，从而奠定了工业微生物学和医学微生物学的基础，并开创了微生物生理学。
巴斯德将微生物发酵原理广泛应用于指导工业生产，开创了“微生物工程”，被人们尊称为“微生物学之父”。