1.味道上：二者均属于调味品，麻椒麻味重；花椒麻味轻，但有一股特有的香味。
花椒为芸香科灌木或小乔木植物青椒的干燥成熟果皮，一般在立秋前后成熟。
产于四川、陕西、河南、河北、山西、云南等省，以四川产的质量好，以河北、山西产量为高。
麻椒的味道比花椒重。
麻椒的果皮具有特殊的香气和强烈持久的麻味。
胡椒辛热、性燥，肝火偏旺或阴虚体热的人应避免多食；患有发热性疾病也应当忌吃胡椒，以免加重病情。
除此之外，心脑血管疾病患者皆不宜食用。
1、从树形上看：花椒树形比较松散，枝条较粗壮而长，麻椒树形相对紧簇一些，枝条细弱一些。
2、从叶片上看：花椒叶片较厚，多为7-9片羽状复叶，甚至11-13片，叶柄翅上无羽状，而麻椒相对较薄，多为3-5片羽状复叶，且叶柄上有羽状翅。
3、从果实上看：鲜果实颜色没有大区别，花椒果皮顶端很少有残留的花柱，麻椒几乎全部保留花柱;花椒果皮有气孔无瘤状突起，麻椒瘤状突起特别明显，果皮在光线下有许多亮点。
干花椒颜色发红，干麻椒发褐色。
4、从口感上看：花椒香味浓烈，但是麻味稍逊色，麻椒以麻为主，麻劲时间较久。
到了冬季，树木落叶后，麻椒部分枯叶不落地，也有的小树苗依然青翠。
1、产地不同：花椒名品主要产在西北，如“大红袍”，四川花椒又以汉源花椒为上，中国大多数地方习惯用花椒，川菜中也广为运用；麻椒是四川省、贵州省地区特产的一种花椒，在川菜中麻椒占有很大的地位，地道的川菜火锅基本用麻椒。
2、外形不同：花椒颜色为绿色（青花椒）和暗红色，麻椒成熟后为深绿色，风干后偏棕黄色。
3、口感不同：花椒香味比麻椒浓烈，但是麻味比麻椒低；麻椒以麻为主，麻味比花椒重，且麻的时间持久，麻椒果皮具有特殊的味道，但不香，俗称“臭花椒”。