1.微生物在碳循环中扮演分解者的角色，能加快碳循环的速度，有利于碳循环的快速进行，能将动植物遗体分解，并转化成二氧化碳释放到空气中或者转化成碳酸盐释放到土壤中被植物利用；
2.微生物作为生物界的分解者，分解动物的排泄物、动植物尸体，使得碳元素回到循环中。
微生物呼吸作用吸入二氧化碳，呼出氧气。
微生物在生物界有着重要作用，体现在以下方面：
1.在生物圈内的物质循环过程中，以异样型微生物为主的分解者，在有机物的矿质化过程中有重要作用。
于生产者一起共同推动着生物内的物质循环，使生态系统保持平衡。
2.由微生物生命活动产生。
在氮素循环中、固氮作用、氨化作用、硝化作用、反硝化作用有微生物的活动。
在磷和硫的循环中也需要各种微生物的活动。
3.微生物对人和动物有益。
已应用于农业、食品、医药、酿造、化工、制革、石油等行业，发挥重要作用。
4.自养型微生物如蓝藻对大气中氧气生产有重大作用，与各种动植物形成共生关系，互利互惠的关系。
固氮循环其中有五种是由细菌微生物完成的：
1.生物固氮：常温常压下，固氮生物通过体内固氮酶的催化作用，将大气中游离的分子态氮气还原为氨气的过程。
2.硝化作用：土壤中由氨化作用生成的氨气，经硝化细菌氧化生成亚硝酸、硝酸的过程。
3.同化型硝酸盐还原作用：以硝酸盐作营养，合成氨基酸、蛋白质和核酸等含氮物的过程。
4.氨化作用：含氮有机物通过各类微生物分解、转化成氨的过程。
5.反硝化作用：微生物还原三氧化氮产生气态氮气的过程，即硝酸盐的异化还原。