蛋白酶是会水解蛋白酶的首先，酶是一种具有催化活性的蛋白质，而蛋白酶的得名就意味着它的催化底物是蛋白质，即蛋白酶是一类可以催化蛋白质水解反应的蛋白质，这种催化机制的实现基于酶和底物结构的契合：锁钥模型和诱导契合模型，一种特定的酶结构结合催化一种特定的底物结构，所以一种酶可以催化水解一大类具有类似结构的底物，即族专一性/相对专一性所以如果一种酶，它所催化水解的结构特征在它自身中存在，那么就可能发生自催化，水解自身。
如果蛋白酶的本质是蛋白质，那么蛋白酶水解蛋白质是有条件的，每种蛋白酶只能水解特定氨基酸结合成的肽键。
如果蛋白酶的本质不是蛋白质，而是RNA，那么则可以理解为蛋白酶具有专一性，只能水解蛋白质，而不能水解RNA。
原因：所有的蛋白质都有一定的构象，蛋白酶是通过和蛋白质特异性结合通过构象中特殊位置的结合，从而影响该位置的稳定性，使得该位置的键或分子间作用力断裂而达到分解蛋白质为多肽，例如一些蛋白酶可以和二硫键作用，一些可特异性识别某些氨基酸残基等等。