1.资产类科目不同：往来款项中，行政单位会计只有“暂付款”科目，而事业单位会计则有“应收票据”、“应收账款”、“预付账款”和“其他应收款”四个科目。
2.负债类科目：行政单位与事业单位负债类科目不同之处在于，行政单位“暂存款”科目对应事业单位“借入款项”、“应付票据”、“应付账款”、“预收账款”、“其他应付款”、“应交税费”等科目。
<1.资产类：零余额账户用款额度 、财政应返还额度、财政直接支付、财政授权支付、存货、长期投资、待处置资产损溢。
2.负债类：短期借款、应缴税费、应缴国库款、应缴财政专户款。
3.净资产类：事业基金、非流动资产基金、专用基金、财政补助结余、非财政补助结转、事业结余、经营结余、非财政补助结余分配。
4.收入类：财政补助收入、事业收入、上级补助收入、附属单位上缴收入、经营收入、其他收入。
5.支出类：事业支出、上缴上级支出、对附属单位补助支出、经营支出、其他支出。
具体明细科目可以设置为：材料费、劳务费、差旅费、劳务费、办公费等。
专款支出是指由财政部门、上级单位和其他单位拨入的指定项目或用途的挖潜改造资金、科技三项费用等指定项目或用途的支出。
专款支出下面可以设置明细账，这样便于核对和统计各个明细分类的支出。
专款支出项目底下一般都不允许发生工资福利支出和对个人和家庭的补助支出的，如果有对个人的劳务方面的支持，一般是走商品和服务支出底下的劳务费科目。