明废除行中书省，设三司，设立承宣布政使司，左、右布政使各一人，是本省的最高行政长官。
提刑按察使一人，负责司法之事，都指挥使掌军事防务。
三司权责分明，互相牵制，互不统属，各自对皇帝负责。
明中期以后，将地方上的权力一分为三，虽然这样有利于加强中央集权，但是地方上出现的一些问题三司中的哪个司都无法单独解决，于是不得不在三司之上设立巡抚，在边方，由于军事的需要，往往一镇的力量不足以抵挡外族的进攻，所以在巡抚之上又设立总督，这样就形成了督抚制度，但督抚制度作为一种差遣制度的。
;清沿用督抚制度，将督抚制逐步纳入正式的地方行政区划中，建立其署, 拥有办事机构和办事人员， 确立了对布政使、按察使两司的统属关系和对地方的职责，督抚制度作为地方最高官制最终确立。
清又在边疆地区，设立盛京、吉林、黑龙江、伊犁、乌里雅苏台五地为将军辖区。
除此之外，在热河、乌鲁木齐、察哈尔等地皆设置都统、提督不等。
驻防将军为本区之最高军政长官。
明清时期是中华民族共同体得到巩固和发展的重要时期。
明朝：重视对少数民族地区的管治明朝虽是汉族政权，但政府却十分重视对少数民族地区的管理和统治。
在南方的少数民族地区，先实行元代以来的土司制度，对归顺的各少数民族首领授予世袭官职，由他们自行管理所辖地方。
后又实行改土归流，把土司辖区纳入中央政府的直接统治范围，这有利於国家统一的发展。
明政府鼓励少数民族与汉族之间在经济文化上的往来，如移民屯垦、贸易互市、兴建学校、推行儒学等举措，都取得了明显的成效。
清朝：由满族建立的清朝是中国历史上继元朝之后，又一个由少数民族建立的统一王朝。
於满族统治者采取了许多重大措施稳定边疆，并对汉文化和各少数民族文化采取了更为宽容、开放的态度和政策，使民族关系、民族融合得到更进一步的发展，从而加强了各民族的相互认同感。
一方面，相沿日久，已成为习惯；另一方面，满清入关以前属于“化外蛮夷”，文化程度有限，他们弄不清汉人儒家文化多如乱麻般的长幼尊卑，包括“臣”和“奴才”等一大堆乱七八糟称谓间的关系。
再一点，在满人心理上，奴才是自己家里人，经常在家里走动，当然要比那些关内汉人大臣亲近、可靠。
所以，在他们看来，“奴才”当然就比臣高一等了，那些汉人大臣是不够“奴才”资格的。
汉臣如果自称为“奴才”就算“冒称”，往往要受到“严旨申饬”。
例如乾隆三十八年，满臣天保和汉臣马人龙，共同上了一道关于科场舞弊案的奏折，因为天保的名字在前，便一起称为“奴才天保、马人龙”。
乾隆皇帝看到奏折后大为恼火，斥责马人龙是冒称“奴才”。
于是，乾隆规定“凡内外满汉诸臣会奏公事，均一体称‘臣’”。