无菌操作、纯培养技术、单孢分离技术、细胞染色技术、显微观察技术，这些是微生物分离纯化操作所必须的技术，也是必须注意的问题。
研究微生物的基本方法。
将特定的微生物个体从群体中或从混杂的微生物群体中分离出来的技术叫作分离；在特定环境中只让 1种来自同一祖先的微生物群体生存的技术叫作纯化。
分离技术主要是稀释和选择培养。
稀释是在液体中或在固体表面上高度稀释微生物群体，使单位体积或单位面积仅存留一个单细胞，并使此单细胞增殖为一个新的群体。
最常用的为平板划线法。
如果所要分离的微生物在混杂的微生物群体中数量极少或者增殖过慢而难以稀释分离时，需要结合使用选择培养法，即选用仅适合于所要分离的微生物生长繁殖的特殊培养条件来培养混杂菌体，改变群体中各类微生物的比例，以达到分离的目的。
为保证分离到的微生物是纯培养，分离时必须用。
微生物的分离与纯化的常用方法：稀释倒平板法。
首先把微生物悬液作一系列的稀释，然后分别取不同稀释液少许，与已熔化并冷却至50℃左右的琼脂培养基混合，摇匀后，倾入灭过菌的培养皿中，待琼脂凝固后制成可能含菌的琼脂平板，保温培养一定时间即可出现菌落。
如果稀释得当，在平板表面或琼脂培养基中就可出现分散的单个菌落，这个菌落可能就是由一个细菌细胞繁殖形成的。
随后挑取该单个菌落，或重复以上操作数次，便可得到纯培养。
稀释涂布平板法。
将已熔化的培养基倒入无菌平皿，制成无菌平板，冷却凝固后，将一定量的微生物悬液滴加在平板表面，再用无菌玻璃涂棒将菌液均匀分散至整个平板表面，经培养后挑取单个菌落。
平板划线法。
将微生物样品在固体培养基表面多次作“由点到线”稀释而达到分离。
稀释摇管法。
先将一系列盛无菌琼脂培养基的试管加热使琼脂熔化后冷却并保持在50℃左右，将待分离的材料用这些试管进行梯度稀释，试管迅速摇动均匀，冷凝后，在琼脂柱表面倾倒一层灭菌液体石蜡和固体石蜡的混合物，将培养基和空气隔开。
1.真核细胞型微生物，细胞核的分化程度较高，有核膜、核仁和染色体。
胞质内有完整的细胞器，如内质网、核糖体及线粒体等。
真菌属于此类型微生物；
2.原核细胞型微生物，细胞核分化程度低，仅有原始核质，没有核膜与核仁，细胞器不很完善。
这类微生物种类众多，有细菌、螺旋体、支原体、立克次体、衣原体和放线菌等；
3.非细胞型微生物，没有典型的细胞结构，亦无产生能量的酶系统，只能在活细胞内生长繁殖。
病毒属于此类型微生物。