主要差别有以下：
1.考入公务员后，研究生的工资会比同个岗位的本科生的岗位工资要高；
2.转正后，本科生定科员级别，硕士研究生定副主任科员级别，博士研究生是主任科员级别，博士研究生的工资比硕士研究生高；
3.办事员三周年按科员对待，科员五年按副科级对待，副科级十周年按正科级对待，正科级十周年按副处级对待，副处级十周年按正处级对待，正县级十五周年按副厅对待，副厅级二十周年按正厅级对待，初次套改以累计年限对应的职务待遇确定基本工资；
4.工龄工资：每年60元，以虚年计算，按月发放，三年一调。
硕士生可以选博导作为导师，但通常博导都是年龄较大的。
博士生导师应是本学科学术造诣较深的教学科研人员，其学术水平在国内本学科领域内处于前列，在某些方面接近或达到国际先进水平，一般为教授职称，也有特别优秀的副教授、讲师担任博士生导师。
有培养研究生经验，至少培养过两届硕士研究生，能坚持正常工作，担负实际指导博士生的责任。
有协助本人指导博士生的学术队伍，培养的研究生质量较好。
有课程教学经历，承担过或正在承担一定工作量的本科生或硕士生课程。
对年轻的教授申请担任博士生导师，除具备上述条件外，一般应具博士学位，至少培养过一届硕士研究生或在国内外协助指导过博士生的学位论文。
博士生大博士生比硕士生大，硕士生是本科毕业，本科毕业后是研究生，研究生之后是博士生，因此，博士生是高于硕士生的。
博士研究生即攻读博士学位的研究生，简称博士生，是研究生学历的最高一级。
我国高等学历教育分为三个学历层次：分别为专科，本科，研究生，而研究生学历为最高学历，但研究生可以根据学位分为硕士研究生和博士研究生，博士研究生是高等学历教育中最高的教育等级。
博士研究生毕业时，可以获得全日制博士研究生毕业证书和博士学位证书。
而以同等学历在职攻读博士学位的，则不能取得学历证书只能取得学位证书，其学历仍然是原学历，如本科或硕士研究生。