有十大组织。

一、晓《火影忍者》整部动漫里，火影迷最熟知的莫过于晓组织，毕竟里面每一位成员都有着特殊能力，都是S级叛忍，有着非同一般的影级战力，以征服世界为目标并引发忍者大战，受到各忍者村注意，同时亦是世界通缉的犯罪组织。

二、暗部暗部全称为“暗杀战术特别部队”，直接隶属于影，一切任务命令皆由影来安排。

为了区分出暗部和一般的忍者，以及隐藏他们的真正身份，成员们都要戴着白色瓷面具，黑色的短衣、灰色的保护服、铸臂，并且在手臂上刻有螺旋形记号的纹身。

三、忍刀七人众被誉为历史上最强的忍刀七人众，七人均十分残忍好杀，大约活跃于第四代水影橹继位时期，后逐渐凋零，直至最后一个誉为最强的忍刀七人众桃地再不斩死后，七人众名存实亡。

四、守护十二忍守护忍十二士为负责保护火之国大名的十二位精英忍者，作为大名的私人独立直属部队，这12位忍者的实力非常强大，标志是腰上带有“火”字的腰布。

奈良鹿丸在阿斯玛死后也曾被邀请加入，但被鹿丸本人拒绝。

木叶忍者村第三代火影的儿子猿飞阿斯玛曾经属于这个组织。

五、根根，又称“暗部培训部门”，直接隶属于木叶元老志村团藏的独立组织，即不受火影的管制，也不受暗部所管辖，制服是白色或黑色披风。

从卡卡西暗部篇中得知，在九尾事件至宇智波灭族事件期间，该组织的活动相当活跃，在木叶发挥着独特作用。

六、追忍暗部的一种，全称“追杀忍者部队”，负责追杀叛忍的忍者。

通常只留下叛忍的头颅作为任务完成的证明，而其他部分则会用不同方式来处理，如以火葬或召唤乌鸦啄食残体。

七、木叶警务部木叶警务部是火之国木叶忍者村的重要部门，主要工作就是维持木叶忍者村内部的治安和稳定，有时也支援暗部参加村子的警备工作。

八、鹰小队鹰小队成员包括宇智波佐助、鬼灯水月、香?、重吾。

由佐助招募并组建的队伍，最初组建时名为“蛇”，目标是杀死佐助的哥哥灭族凶手宇智波鼬。

九、音忍五人众音忍五人众，指的是大蛇丸手下最强而且能熟练运用咒印的五位忍者，即辉夜君麻吕、左近右近、鬼童丸、多由也、次郎坊五人。

十、邪神教飞段在邪神教所习的秘术，用敌人的血当施展媒介，让施术对象受到施术者所受到的任何伤害，并且无法回避，但必须伤害自己的身体才有效果，所以只有不死之身的飞段可以不断使用，此外施术者也必须进入本身的血所画的阵式中才能发挥效用，只要离开阵式，术的效力就会丧失。